Kẻ dị biệt tại trường học phép thuật 1 lấy bối cảnh thế giới tương lai, khi mà phép thuật không còn là sản phẩm của trí tưởng tượng, truyền thuyết hay cổ tích nữa mà đã trở thành công nghệ có thật.
Phép thuật được giảng dạy phổ biến tại các trường cấp ba và đại học, trong đó trường Trung học Đệ Nhất là trường cấp ba danh giá nhất trong số chín trường cấp ba trực thuộc Đại học Phép thuật Quốc gia. Tại ngôi trường này, có hai anh em cùng huyết thống là Tatsuya và Miyuki đang chuẩn bị bước những bước chân đầu tiên vào cuộc sống trung học tươi đẹp của mình.
Tuy nhiên, kể từ khi có sự xuất hiện của hai người họ, sóng gió đã bắt đầu ập đến ngôi trường vốn dĩ yên bình này…
